在线清洗是指膜组件浸没在曝气池内的状态下，从膜出水管把规定的清洗药液注入膜内，使其流到原水侧，分解附着在膜丝表面的有机物，恢复膜间压差的清洗方式。
在线清洗分为碱洗和酸洗。
一、清洗浓度
碱洗采用的药剂是次氯酸钠+氢氧化钠，浓度为300-3000mg/l+200-5000mg/l.浓度的选择是根据膜的污染程度，初次清洗可采用低浓度清洗。
酸洗采用的药剂是柠檬酸，浓度为500-3000mg/l, 浓度的选择是根据膜的污染程度，初次清洗可采用低浓度清洗。
二、清洗药剂用量
药液的使用量为2L/平方米膜表面积+配管容积，一组膜组件有1240平方米。清洗一组膜的用药量为3000L。
三、配药
碱洗配药（按次氯酸钠1000mg/l+氢氧化钠1000mg/l）
1、 先把在线清洗罐放到2/3液位。
2、 然后把计算好的次氯酸钠原液(3kg)和液碱(3kgL)放入罐中。
3、 然后注满水。
4、 打开膜清洗泵打回流半个小时，搅拌均匀。
酸洗配药（按500mg/l）
1、 先把线清洗罐放到2/3液位。
2、 然后把计算好的柠檬酸原液(1.5kg)放入罐中。
3、 然后注满水。
4、 打开膜清洗泵打回流半个小时，搅拌均匀。
注：上述加药量都是100%的含量计算的。
四、清洗步骤
1、关闭吸引泵，停止过滤，关闭吸水管上的阀门。
2、2分钟后关闭曝气阀门，停止曝气。若注入管内进入空气，在低流量运转药液注入泵的同时，运转吸引泵，排除管内空气。
3、打开药液注入管阀门，运转药液注入泵。开始注入药液，在30分钟注入全部药剂，关闭阀门，静置90分钟，药液和膜的接触时间总计为120分钟。
4、打开膜组件曝气阀门，持续曝气30分钟左右。注意：此过程中不得开启吸引泵进行过滤操作。
5、打开吸引泵吸水管路上的阀门，开启吸引泵，开始再次的正常运转。